Cell Rerport | 厦大原公卫院长夏宁邵院士通过AI赋能抗感染新药研发
新冠、HIV变异极快，广谱中庸抗体是疫苗、殊效药要道；传统筛选耗钱耗时，旧AI只可看长入力、分不清中庸后果。厦门大学原公卫院长夏宁邵院士团队，最新国当然登Cell子刊：
○自研ClonoDeep深度学习平台，不必抗原携带，仅凭B细胞氨基酸序列就能批量挖掘强效广谱中庸抗体。
○论说HCDR3要道氨基酸调控中庸广度的分子机制，任意性在未感染东说念主群中发现新式HIV广谱中庸抗体，打造跨病原体通用AI抗体挖掘圆善决议。
本接头行使CoV-AbDab、CATNAP等行家抗体，自研CNN-Transformer深度学习平台ClonoDeep，搭配生信软件与细胞、假病毒中庸、冷冻电镜等实验，勾引无需抗原免疫的广谱中庸抗体高通量筛选体系，班师筛选强效新冠中庸抗体并论说要道突变机制，宅男宅女爱爱体检区还从未感染HIV东说念主群中发现全新 HIV 广谱中庸抗体。
ClonoDeep模子详细性能评估
基于新冠、HIV两大圭臬数据集完成模子对照，新冠中庸权衡AUC=0.831，HIV权衡AUC达0.905，MAE、有斟酌数等主义全面优于现存主流抗体权衡器具；同源分组拆分决议有用回避序列数据涌现，泛化才智权贵莳植。（图 1）
图 1.抗体筛查的性能评估
新冠广谱中庸抗体筛选及活性考证
从海量抗体序列中唐突4类新冠行家克隆，小嫩嫩12欧美筛选取得8株广谱中庸抗体；代表抗体CT1-1 IC50低至0.34ng/mL，中庸活性优于经典单抗S2E1，可广谱中庸野生株及BA.2、BA.4/5、BF.7等神秘克戎变异株，AI权衡高分样执行外中庸阳性率83.3%。（图 2）
图 2 .通过ClonoDeep筛选的SARS-CoV-2中庸抗体特点分析
抗体中庸要道位点机制领略
冷冻电镜长入定点突变实考说明，HCDR3第107位His可莳植跨毒株中庸广度，109位Gly突变为Ala会产生空间位阻松开中庸才智，98位氨基酸不参与抗原长入，突变无功能影响，明确抗体亲和力锻真金不怕火中枢调控机制。(图 3)
图 3 .克隆型起首IGHV1-58 RBD 抗体亲和锻真金不怕火要道位点的唐突
非HIV东说念主群新式广谱中庸抗体挖掘
从无HIV感染史肺动脉高压患者免疫组库中，唐突出3株全新HIV广谱中庸抗体，可掩饰6大主流亚型及难中庸Tier2毒株，分离靶向gp120 V3糖基、gp41 MPER保守表位，说明东说念主体无需HIV娇傲即可产生bnAb前体。（图 4）
图 4.选拔ClonoDeep进行HIV-1广谱中庸抗体的筛选与表征
本接头开发ClonoDeep深度学习平台，依托行家抗体数据库罢了无抗原依赖的B细胞组库高通量bnAb挖掘，既论说新冠抗体HCDR3要道突更改控中庸广度的分子机制，又任意性从非HIV东说念主群发现新式HIV广谱中庸抗体，为抗病毒抗体药物与通用疫苗开发提供一体化AI筛选新决议。
原文贯穿：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/42319828/